ترجع أصول الخلافات العراقية-الإيرانية إلى الخلافات الناشئة حول ترسيم الحدود بين البلدين وقد بقيت هذه الخلافات مشكلة عالقة في العلاقات الإيرانية العراقية لا سيما حول السيادة الكاملة على
شط العرب حيث كانت تحت السيادة العراقية الكاملة قبل عام 1975 ولكن الدولتين تقاسمتا السيادة على شط العرب بعد
اتفاقية الجزائر عام 1975 والتي كف على أثرها الشاه في إيران عن مساعدة الثوار
الأكراد في العراق، في مقابل تنازل العراق عن بعض حقوقه في شط العرب، واستفاد العراق من هذه الاتفاقية في إيقاف المساعدات الإيرانية لحركة التمرد الكردية التي قادها
مصطفى البارزاني ونجاح النظام العراقي في القضاء على الثورة الكردية.
عند مجيء
صدام حسين للسلطة في
العراق عام 1979 كان الجيش الإيراني جيشا من أقوى جيوش المنطقة على الرغم من الهيكلة وتعرض القياديين السابقين في الجيش إلى حملة اعتقالات على يد
صادق خلخالي حاكم شرع
إيران بعد وصول الثورة الإسلامية إلى سدة الحكم في
إيران.
في
17 سبتمبر1980 أعلن الرئيس العراق
صدام حسين عن إلغاء
اتفاقية الجزائر لعام 1975 التي وقعها بنفسه مع شاه إيران حينما كان نائباً للرئيس العراقي آنذاك، واعتبر العراق
شط العرب كاملاً جزءاً من المياه الإقليمية العراقية.
كما وأعلن الرئيس العراقي صدام حسين أن مطالب العراق من حربه مع إيران هي: الاعتراف بالسيادة العراقية على التراب الوطني العراقي ومياهه النهرية والبحرية، و إنهاء الاحتلال الإيراني لجزر
طنب الكبرى وطنب الصغرى
وأبو موسى في الخليج عند مدخل مضيق هرمز، وكف إيران عن التدخل في الشؤون الداخلية للعراق.
بعد الأضرار الفادحة التي تكبدتها
العراق و
إيران من جراء السنوات الثمان للحرب وافقت
إيران على هدنة اقترحتها
الأمم المتحدة والتي وصفها الخميني "كأس السم" حسب تعبيره في 8
اغسطس 1988 حيث كانت إيران ترفض أي قرار من مجلس الأمن ما لم يعترف بأن العراق هو البادئ بالاعتداء، وإقرار التعويضات اللازمة لإيران والتي قد تصل إلى 200 مليار دولار. تم تقدير خسائر
إيران بحوالي 150 مليار دولار وخسائر
العراق 100 مليار بالإضافة إلى ديون
العراق التي بلغت معدلات عالية كما إن الضحايا البشرية الهائلة من الجانبين قد فاق عددهم المليون قتيل. وتم تدمير معظم البنية التحتية لاستخراج
النفط في كلا الدولتين نتيجة للقصف الجوي المتبادل.
معظم الخلافات الحدودية في نهاية
الحرب بقت على حالها حتى عام 1991. وبعد شهر واحد من الغزو العراقي للكويت وافق
العراق على الالتزام باتفاقية عام 1975 التي وقعها مع
إيران عام 1975، واعترف
العراق فيها بحقوق
إيران في الجانب الشرقي من
شط العرب. في 9
ديسمبر 1991 أي بعد ثلاث سنوات من انتهاء الحرب اصدر
مجلس الأمن بياناً ورد فيه أن "الهجوم العراقي على إيران في 22
سبتمبر 1980 لايمكن تبريره حسب قوانين الأمم المتحدة" حيث حمل البيان العراق المسؤولية الكاملة عن الحرب. ومن الجدير بالذكر أن هذا البيان أصدر عندما كان على
العراق ضغط دولي كبير نتيجة اجتياح
العراق للكويت حيث لم يصدر مثل هذا البيان خلال السنوات الثمانية الطويلة للحرب.