الوسم: microbiologie
Avant l’invention du microscope, bien peu de savants soupçonnèrent l’existence d’êtres vivants invisibles. Dans l’antiquité, Aristote avait formulé l’idée d’une contagion invisible de certaines maladies mais il ne put en apporter la preuve. De même, au XVIème siècle, von Hutten et Paracelse affirmèrent l’existence de germes vivants invisibles mais leurs idées n’eurent guère de succès. Girolamo Fracastoro (1483-1553), médecin et poète italien, écrivit un traité sur les maladies contagieuses dans lequel il attribue la syphilis et la tuberculose à des êtres vivants invisibles capables de se multiplier. C’est d’ailleurs d’un de ses poèmes qu’est tiré le nom de syphilis. Même si en Italie les prostituées étaient déjà surveillées pour éviter la transmission de cette maladie, la notion de contagion n’était pas acquise et les règles d’hygiène élémentaire que nous pratiquons aujourd’hui de façon automatique étaient inexistantes et les épidémies fréquentes et meurtrières.
A la suite d’une épidémie de peste à Rome en 1658, le jésuite allemand Athanasius Kircher (1602-1680) affirma avoir observé au microscope dans le sang des malades "une innombrable éclosion de vers qui sont imperceptibles à l’œil", responsables selon lui de la peste. Ce n’était qu’une affirmation. En revanche, Anton van Leeuwenhoek, le précurseur de la microscopie, décrivit et dessina en 1680 des bactéries présentes dans le tartre de ses dents ainsi que des levures de bière. Il est ainsi la première personne au monde à avoir vraiment décrit des microbes.
Mais le véritable précurseur de la microbiologie fut l’abbé Lazzaro Spallanzani (1729-1799). Ce savant fut le premier à cultiver des microbes en utilisant un milieu nutritif. Il faisait pousser des microorganismes dans du jus de viande placé dans une bouteille. Il démontra à cette occasion que les microbes ne poussent pas si le jus de viande a été bouilli et reste à l’abri de l’air. En revanche, si le liquide vient en contact avec l’air, les microbes se développent. Il réfutait ainsi la théorie de la génération spontanée tenue pour acquise à cette époque. Toutefois, la bataille de la génération spontanée aura encore de beaux jours puisque Pasteur s’attellera à la même tâche un siècle plus tard. Il faut d’ailleurs noter qu’il utilisera des techniques très semblables à celles mises en œuvre avant lui par Spallanzani. Enfin, notre abbé, décidément très fécond, montra que les microbes se multiplient en se divisant en deux, puis encore en deux. C’est la raison pour laquelle ils envahissent rapidement le milieu de culture.
A la suite des travaux de Spallanzani, divers chercheurs observent et décrivent des microbes tandis que s’améliorent les microscopes mais leur importance écologique, épidémiologique et économique reste insoupçonnée.
En 1846, un obstétricien hongrois, Ignace Semmelweis, réussit à faire passer dans sa maternité la mortalité des accouchées de 27 % à 0.23 % simplement en exigeant des sages-femmes et des étudiants en médecine chargés d’examiner les patientes qu’ils se lavent les mains à l’eau de Javel. La découverte de l’antisepsie ne lui vaut aucune reconnaissance : exigeant de son patron qu’il se soumette à la même hygiène, il est révoqué. Devenu fou, il mourra d’une infection suite à une coupure faite au cours d’une dissection. Le romancier Céline en a fait sa thèse de doctorat en médecine.
Mais le véritable précurseur de la microbiologie fut l’abbé Lazzaro Spallanzani (1729-1799). Ce savant fut le premier à cultiver des microbes en utilisant un milieu nutritif. Il faisait pousser des microorganismes dans du jus de viande placé dans une bouteille. Il démontra à cette occasion que les microbes ne poussent pas si le jus de viande a été bouilli et reste à l’abri de l’air. En revanche, si le liquide vient en contact avec l’air, les microbes se développent. Il réfutait ainsi la théorie de la génération spontanée tenue pour acquise à cette époque. Toutefois, la bataille de la génération spontanée aura encore de beaux jours puisque Pasteur s’attellera à la même tâche un siècle plus tard. Il faut d’ailleurs noter qu’il utilisera des techniques très semblables à celles mises en œuvre avant lui par Spallanzani. Enfin, notre abbé, décidément très fécond, montra que les microbes se multiplient en se divisant en deux, puis encore en deux. C’est la raison pour laquelle ils envahissent rapidement le milieu de culture.
A la suite des travaux de Spallanzani, divers chercheurs observent et décrivent des microbes tandis que s’améliorent les microscopes mais leur importance écologique, épidémiologique et économique reste insoupçonnée.
En 1846, un obstétricien hongrois, Ignace Semmelweis, réussit à faire passer dans sa maternité la mortalité des accouchées de 27 % à 0.23 % simplement en exigeant des sages-femmes et des étudiants en médecine chargés d’examiner les patientes qu’ils se lavent les mains à l’eau de Javel. La découverte de l’antisepsie ne lui vaut aucune reconnaissance : exigeant de son patron qu’il se soumette à la même hygiène, il est révoqué. Devenu fou, il mourra d’une infection suite à une coupure faite au cours d’une dissection. Le romancier Céline en a fait sa thèse de doctorat en médecine.
A la même époque, un homme avait déjà établi le lien entre maladies infectieuses et microbes. Agostino Bassi avait étudié sous la direction de savants prestigieux comme Volta et Spallanzani mais il s’était spécialisé dans le droit. En 1835, il s’intéressa à une maladie du ver à soie et découvrit qu’elle était due à un champignon et qu’elle était contagieuse. En 1844 il tira des conclusions similaires concernant la rougeole, la syphilis, la peste et la variole qu’il attribuait à des "parasites vivants". Ces travaux n’eurent pourtant aucune audience dans le monde scientifique et il mourut totalement ignoré.
Au contraire, les travaux de Casimir Davaine (1812-1882) déclenchèrent une polémique. En 1863, il démontre que le charbon du mouton est dû à une bactérie et qu’il peut être transmis expérimentalement au lapin. Mais ses résultats étaient inconstants et la maladie localisée à des zones bien précises. Ses contradicteurs prétendent que la présence des bactéries dans le sang est une conséquence et non la cause de la maladie. C’est un médecin allemand, Robert Koch (1843-1910) qui résout l’énigme en montrant que le bacille du charbon forme des spores, organes de résistance capables de survivre dans les sols et d’infecter de nouveaux animaux en s’y développant.
R. Koch peut être considéré comme le véritable fondateur de la microbiologie. C’est lui qui développa les principales méthodes encore utilisées aujourd’hui : milieux nutritifs adaptés à toutes sortes de bactéries, culture des bactéries sur milieu solide, colorations spécifiques etc. On lui doit, entre autre, la découverte du bacille de la tuberculose et du vibrion du choléra.
Mais, en France, c’est le nom de Pasteur qui reste attaché à la naissance de la microbiologie.
Pasteur avait beaucoup travaillé sur les fermentations. Il en avait identifié les agents, des levures et des bactéries, ainsi que les microorganismes qui infectaient parfois les cuves des brasseurs. Il était persuadé que certaines maladies contagieuses pouvaient être dues aussi à des microorganismes. N’étant pas médecin, il ne voulait pas se lancer dans leur étude lorsque le ministère de l’agriculture lui demanda d’étudier la pébrine, maladie contagieuse des vers à soie et péril économique. Après avoir résolu ce problème, il s’attaqua à d’autres maladies contagieuses. Il découvrit alors les microorganismes agents de diverses maladies aussi bien de l’Homme que des animaux (staphylocoque des furoncles et de l’ostéomyélite, streptocoque de la fièvre puerpérale, cette maladie combattue par les mesures d’antisepsie de Semmelweis, choléra des poules etc.). En étudiant le choléra des poules, il découvre que l’injection d’une préparation vieillie du microbe protège les animaux contre l’infection. Il appelle le phénomène "vaccination" en hommage à Edward Jenner (1749-1823). Ce dernier avait découvert en 1798 que l’injection d’une préparation de vaccine, une forme de variole bénigne de la vache, protège l’homme contre la variole humaine, très répandue à l’époque. Il faut noter que les chinois avaient découvert ce phénomène des centaines d’années plus tôt.
Le 31 mai 1881, devant une foule de journalistes, de médecins et de vétérinaires, il injecte une culture virulente de charbon à 48 moutons dont 24 ont reçu au préalable une préparation atténuée. 2 jours plus tard, 22 des moutons non traités sont morts, 2 sont à l’agonie tandis que les 24 vaccinés restent bien vivants. C’est l’enthousiasme car on pressent l’importance du phénomène en médecine humaine. Toutefois, Pasteur craint de passer à l’expérimentation sur l’Homme dont il mesure le danger. De plus le corps médical s’y oppose. Si un comité d’éthique avait existé à l’époque, il n’aurait jamais autorisé de telles expériences ! Dans l’urgence, il va être conduit à le faire pour une maladie dont l’agent reste inconnu : la rage. Pasteur avait déjà testé son vaccin sur des chiens lorsqu’on lui amena un enfant de 9 ans, Joseph Meister, mordu par un chien enragé. Il le vaccine (le temps d’incubation de la rage le permet ce qui n’est pas le cas pour la plupart des autres maladies) et le sauve. 2490 personnes recevront le vaccin au cours des quinze mois suivants. Pourtant, l’agent responsable restera invisible jusqu’à la découverte des virus dans les années cinquante. Mais c’est une autre histoire…
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Abiogenèse : génération spontanée
Abiotique : non vivant, où la vie est absente
Acide diaminopimélique : diacide diaminé présent dans la paroi cellulaire des bactéries
Acide téichoïque : composé de la paroi cellulaire ; présent uniquement chez les procaryotes
Actinomycète : bactérie filamenteuse et ramifiée
Aflatoxine : toxine cancérigène élaborée par certaines souches d’Aspergillus flavus, une moisissure
Agent antimicrobien : tout agent physique ou chimique qui détruit les microorganismes ou inhibe leur croissance
Allergie : Type de réaction antigène-anticorps caractérisée, chez des individus sensibles, par une réponse physiologique exagérée vis à vis de certaines substances (hypersensibilité)
Ammonification : formation d’ammoniac à partir des protéines par l’action de bactéries
Anatoxine : toxine bactérienne ou végétale traitée de façon à perdre ses propriétés toxiques, mais non ses propriétés antigéniques
Antagonisme : destruction d’un microorganisme ou l’inhibition de sa croissance par un autre microorganisme
Antibiotique : substance d’origine microbienne ou de synthèse qui, en très petite quantité, exerce une action antimicrobienne
Anticorps : immunoglobuline spécifique, élaborée par l’organisme en réponse à une stimulation antigénique, et qui réagit avec l’antigène
Antigène : toute substance étrangère qui, lorsque introduite dans l’organisme, stimule la production d’anticorps spécifiques
Antiseptique : qui prévient la sepsie, la putréfaction ou la décomposition, en détruisant les microorganismes ou en inhibant leur croissance
Antisérum : sérum contenant des anticorps contre un ou plusieurs antigènes étrangers
Antitoxine : anticorps capable de se fixer à une toxine spécifique et de la neutraliser
Asepsie : condition caractérisée par l’absence de microorganisme dans un endroit donné. C’est aussi l’ensemble des moyens pris pour empêcher la contamination d’objets, de substances, d’organismes ou de locaux préalablement désinfectés
Autoclave : appareil utilisant la vapeur sous pression pour stériliser
Autotrophes : se dit des organismes capables de capter de l’énergie libre et d’élaborer leurs propres constituants à partir de composés inorganiques
Auxotrophe : microorganisme ayant besoin de facteurs nutritifs spécifiques, comme des acides aminés ou des vitamines
Axénique : se dit d’un animale élevé pendant plusieurs générations dans des conditions aseptiques, et qui ne possède plus de flore microbienne
Bactéricide : qui détruit les bactéries
Bactérie Gram négative : bactérie qui, au cours de la coloration de Gram, est décolorée par l’alcool et prend la couleur du contre colorant
Bactérie Gram positif : bactérie qui, au cours de la coloration de Gram, n’est pas décolorée par l’alcool et conserve la couleur du colorant (cristal violet)
Bactérie lysogène : bactérie infectée par un bactériophage tempéré
Bactériophage : virus capable d’infecter les bactéries et de provoquer leur lyse
Botulisme : intoxication alimentaire due à la toxine élaborée par Clostridium botulinum
Capside : coque rigide protéique entourant le matériel génétique d’un virus
Capsule : enveloppe ou couche visqueuse entourant la paroi de certains microorganismes
Catalase : enzyme qui décompose le peroxyde en eau et en oxygène
Chimiolithotrophe : organisme qui obtient son énergie de l’oxydation de composés inorganiques, et qui est capable d’élaborer ses propres substances organiques à partir de CO2, d’eau et de sels minéraux
Chimiothérapie : traitement de maladies par l’administration de substances chimiques
Clone : population de cellules provenant toutes d’une cellule unique
Coliphage : virus qui infecte Escherichia coli
Colonie : croissance macroscopique de microorganismes sur un milieu de culture solide
Coloration différentielle : méthode de coloration permettant de faire ressortir les différences entre les cellules microbiennes, ou de mettre en évidence leurs structures internes ou externes
Coloration simple : méthode de coloration consistant à appliquer un seul colorant à un frottis de bactéries ou d’autres organismes
Complément : protéine sérique participant aux réactions antigène-anticorps
Conjugaison : type de reproduction ***uée au cours de laquelle s’effectue une fusion temporaire et un transfert de gènes entre deux microorganismes, la conjugaison a surtout lieu chez les unicellulaires
Contamination : présence d’organismes indésirables dans un objet ou substance
Conversion lysogène : phénomène au cours duquel un prophage se détache du chromosome bactérien et provoque la lyse de son hôte
Courbe de croissance : représentation graphique des différentes phases de croissance bactérienne dans un milieu de culture
Culture pure : culture contenant uniquement une seule espèce d’organisme
Déficit immunitaire : maladie due à une déficience ou un dérèglement de la réponse immunitaire
Dénitrification : réduction des nitrates en azote moléculaire
Désinfectant : agent qui détruit les cellules microbiennes végétatives
Déterminant antigénique : partie de la molécule d’un antigène responsable de la spécificité de la réaction immunitaire
Diauxie : croissance de bactéries en deux cycles successifs, ce type de croissance est dû au changement de préférence des bactéries pour une autre source de carbone
Dose infectieuse : quantité de microorganismes nécessaire pour infecter un hôte
Ecologie microbienne : étude des microorganismes dans leur environnement naturel
Endémique : qui présente un caractère de persistance dans une région donnée
Endospore : spore formée à l’intérieur d’une bactérie
Endotoxine : toxine contenue à l’intérieur d’une cellule et libérée au moment de la lyse de l’organisme
Ensemencement dans la masse : technique d’isolement des bactéries qui consiste à ensemencer la gélose alors qu’elle est refroidie et encore liquide
Ensemencement par épuisement : technique d’isolement des bactéries qui consiste à étaler l’inoculum sur la surface d’une gélose stérile ; chacune des cellules ainsi isolée croît et donne une colonie distincte et séparée des autres colonies
Entéropathogène : organisme qui cause une maladie intestinale
Entérotoxine : toxine élaborée par des bactéries toxi-infectieuses présentes dans les voies intestinales
Epidémie : augmentation soudaine de l’incidence d’une maladie touchant un grand nombre d’individus sur un territoire plus ou moins étendu
Epidémiologie : étude des différents facteurs intervenants dans l’apparition et l’évolution des maladies dans les groupes d’individus
Etiologie : étude des causes d’une maladie
Exoenzyme : enzyme secrété par un microorganisme dans son environnement
Exospore : spore formée à l’extérieur de la cellule végétative
Exotoxine : toxine secrété par un microorganisme dans le milieu environnant
Facteur de croissance : facteur nutritif en l’absence duquel un organisme donné ne peut croître ni se multiplier, et dont cet organisme ne peut effectuer lui-même la synthèse
Facteur F : élément génétique de nature épisomique, présent dans le cytoplasme de certaines bactéries dites mâles, appelé aussi facteur de fertilité ou facteur ***uel
Fermentation : oxydation anaérobie de glucides par certains microorganismes
Filtre bactérien : filtre spécial à travers duquel les bactéries ne peuvent passer
Fission binaire transverse (scissiparité) : processus de reproduction a***uée par lequel une cellule-mère se divise en deux cellules-filles
Flore microbienne : ensemble des microorganismes présents dans un endroit donné, comme dans le sol ou dans les intestins
Fluorescence : propriété que possèdent certaines substances d’émettre un rayonnement
Frottis : matériel biologique, comme des bactéries, étalé en couche mince sur une lame pour être examiné au microscope
Gélose(Agar) : polysaccharide extrait d’une algue rouge (Rhodophycées) et utilisé comme agent solidifiant dans les milieux de culture microbiologiques solides
Germe : un microorganisme ; un microbe, habituellement pathogène
Germicide : tout agent ou substance capable de détruire des germes, habituellement des microorganismes pathogènes
Hémolyse : destruction des hématies (globules rouges) accompagnée de la libération de l’hémoglobine
b-hémolyse : hémolyse complète caractérisée par une zone claire et incolore autour des colonies de certaines bactéries cultivées sur gélose au sang
Hétérotrophe : se dit d’un organisme incapable de synthétiser ses propres constituants organiques, et qui doit se nourrir de ceux élaborés par des organismes autotrophes ou par d’autres hétérotrophes
Immunité : état de résistance, naturelle ou acquise, vis-à-vis d’un agent pathogène
Immunologie : étude des mécanismes de défense de l’organisme contre les agents étrangers
Infection : invasion d’un organisme par un microbe ; état pathologique résultant de la croissance d’un microorganisme pathogène dans l’organisme
Inflammation : réaction tissulaire due à l’irritation par une substance étrangère, et provoquant la migration de leucocytes et une augmentation de l’irrigation sanguine dans la région irritée.
Inoculation : introduction artificielle de microorganismes ou de substances dans un organisme ou dans un milieu de culture
Intoxication : troubles provoqués par l’action de substances toxiques sur l’organisme
Lyophilisation : méthode de conservation de matériel biologique par congélation et déshydratation rapides sous vide
Lyse : destruction ou dissolution de cellules ou de microorganismes
Lysogénie : état d’une bactérie infectée par un virus tempéré
Lysotypie : détermination du type d’une souche bactérienne à l’aide de bactériophages
Lysozyme : enzyme capable de détruire la paroi cellulaire des bactéries
Mésophile : se dit d’une bactérie dont la croissance est optimale entre 25 et 40°C
Milieu de culture : substance utilisée comme nutriment pour la croissance et la multiplication des microorganismes
Monotriche : qui n’a qu’un seul flagelle
Mucopeptide (muréine, peptidoglycane) : polymère constituant la structure rigide de la paroi cellulaire des bactéries
Organotrophe : organisme qui obtient ses nutriments à partir de composés organiques
Pandémie : épidémie touchant presque tous les habitants d’une région
Pasteurisation : processus de traitement par chauffage de certains liquides tel que le lait afin de détruire les microorganismes pathogènes
Pathogène : qui provoque une maladie
Péritriche : qui a des flagelles tout autour de la cellule
Phase végétative : phase de croissance active, par opposition à la phase de repos ou phase sporulée
Photolithotrophe : organisme qui obtient son énergie de la lumière, et qui utilise des composés inorganiques comme nutriments
Plasmide : élément génétique extra-chromosomique
Postulats de koch : ensemble de règles servant à démontrer la relation de cause à effet entre un microorganisme et une maladie
Potable : se dit de toute boisson, en particulier l’eau, propre à la consommation
Précipitine : anticorps causant la précipitation d’un antigène
Procaryote : type de cellule dont le matériel nucléaire n’est pas entouré d’une membrane
Prophage : acide nucléique viral intégré au chromosome bactérien et qui se réplique en même temps
Protéolytiques : capable de dégrader des protéines en substances plus simples
Protoplaste : bactérie qui a perdu sa paroi, mais non sa membrane cytoplasmique
Prototrophe : organisme qui n’a pas besoin de facteurs de croissance pour croître et se multiplier
Psychrophile : microorganisme capable de croître à des températures froides
Pus : exsudat liquide inflammatoire contenant du sérum, des bactéries, des cellules mortes et des leucocytes
Putréfaction : décomposition malodorante de protéines par des microorganismes
Rayons ultraviolets : radiations du spectre lumineux comprises entre 200 et 390 nm
Rhizosphère : région du sol sujette à l’influence des racines, et caractérisée par une activité microbienne intense
Rickettsie : Bactérie parasite obligatoire intracellulaire des arthropodes ; de nombreux types sont pathogènes pour les humains et les mammifères
Salmonellose : infection des voies intestinales causées par Salmonella
Saprophyte : organisme se nourrissant aux dépens de matière morte
Septicémie (bactériémie) : maladie systémique causée par l’invasion et la multiplication de microorganismes pathogènes dans la circulation sanguine
Sérum : plasma sans fibrinogène
Souche : groupe d’organismes, dans une espèce ou une variété, caractérisé par des propriétés différentes, comme la production de toxine, la morphologie des colonies, etc.
Stérile : dépourvu de toute forme de vie
Stérilisation : action de rendre stérile ; destruction de toute forme de vie
Syphilis : maladie vénérienne causée par Treponema pallidum
Taxon : groupe taxonomique tel un genre, une espèce
Technique aseptique : ensemble des mesures de précaution prises pour éviter toute contamination
Tellurique : qui vient de la terre, du sol
Temps de génération : intervalle de temps entre deux divisions cellulaires
Tétanos : maladie causée par la toxine de Clostridium tetani
Thermolabile : se dit d’une substance ou d’un composé détruit par la chaleur à des températures inférieures à 100°C
Thermostable : se dit d’une substance ou d’un composé relativement résistant à la chaleur ou à des températures inférieures à 100°C
Thermophile : se dit d’un organisme, principalement les bactéries, qui se multiplie bien à des températures de 50°C ou plus
Toxémie : présence de toxine dans le sang
Transduction : transfert de matériel génétique d’une bactérie à une autre par l’intermédiaire d’un virus
Tyndallisation : stérilisation discontinue
Ultrason : onde sonore de haute fréquence, inaudible à l’oreille humaine, utilisée pour détruire les microbes
Vaccin : suspension de microorganismes pathogènes tués ou atténués, ou de leurs produits, utilisée pour provoquer une réponse primaire chez un individu et l’immuniser contre l’agent administré
Vaccination (immunisation) : inoculation avec un vaccin pour produire un état de résistance
Vecteur : tout agent capable de transférer mécaniquement ou biologiquement un pathogène d’un organisme à un autre
Virémie : présence de virus dans le sang
Virologie : étude des virus
Virulence : capacité d’un organisme de causer une maladie
Virus : agent parasite intracellulaire obligatoire, beaucoup plus petit que les bactéries
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