Classification des bactéries
Les bactéries sont des organismes unicellulaires microscopiques, présents dans tous les milieux sous des formes très variées. Tous les aliments en contiennent, et ce, plus particulièrement en surface. Elles jouent des rôles importants notamment dans le recyclage de la matière organique, dans l’équilibre des plantes et des animaux et dans certaines productions alimentaires et industrielles. Certaines espèces sont pathogènes et peuvent provoquer des maladies chez les humains et les animaux. Leur classification permet d’identifier les souches pathogènes . Les critères de classification les plus importants sont :
Le type de paroi
La forme de la bactérie
Le type de métabolisme énergétique
Le comportement en relation avec l’oxygène
La possibilité de produire des spores
Type de paroi
La distinction des bactéries se fait en partie grâce à la différence dans la composition chimique de leur paroi.
La coloration de Gram est la technique utilisée pour classer les bactéries en deux groupes ;
- celles qui retiennent la coloration violette(Gram positif),
et celles qui ne la retiennent pas (Gram négatif).
Les bactéries à Gram positif ont une paroi épaisse et homogène tandis que les bactéries à Gram négatif, en ont une plus mince, mais plus complexe.
Forme de la bactérie
Les bactéries sont regroupées selon trois formes :
- Forme sphérique : On les appelle coques ou cocci (coccus au singulier)
- Forme cylindrique : On les appelle les bâtonnets ou bacilles
- Forme spiralée : Nommé spirilles
Le type de métabolisme énergétique
Les bactéries sont très diversifiées en ce qui concerne leur métabolisme. Deux types nutritionnels sont détaillés.
- Autotrophes : bactéries qui se nourrissent de nutriments simples notamment l’eau, le CO2 et les sels minéraux, etc. Ces microorganismes sont à la base de toutes les chaînes alimentaires.
- Hétérotrophes : bactéries qui nécessitent des nutriments organiques (glucides, protéines, lipides, etc.) pour subsister et croître. La plupart des bactéries font partie de ce groupe, comme les animaux, les protozoaires et les mycètes. Ces nutriments fournissent les éléments nécessaires à leur fonctionnement.
Le comportement en relation avec l’oxygène libre
Les bactéries réagissent à l’oxygène (O2) selon quatre modes respiratoires:
1.aérobies stricts : ne se développe qu’en présence d’oxygène.
2.anaérobies stricts : ne se développent qu’en absence d’oxygène libre ou en présence de teneurs très faibles.
3.aérobies anaérobies facultatives : peuvent croître en présence ou en absence d’oxygène
4.microaérophiles : croissent en présence d’une faible quantité d’oxygène
La possibilité de produire des spores :
Certaines espèces bactériennes sont capables de former des spores, ou plus exactement : une structure unicellulaire inactive et résistante.
Les spores permettent aux bactéries de survivre dans des conditions environnementales défavorables. Elles sont ainsi plus résistantes à la chaleur, à la dessiccation, à l’irradiation, aux antibiotiques et aux antiseptiques que les bactéries non sporulées.
La spore donne de nouveau naissance à une bactérie active lorsque les conditions favorables reviennent.
D’autres critères peuvent être mentionnés pour mieux décrire les microorganismes comme par exemple, leur réservoir naturel (les organismes qui hébergent ce microorganisme infectieux) et les principaux facteurs qui influent sur leur croissance tels que l’eau, la pression osmotique, la température optimale et le pH.
Exemple de de******ion d’une bactérie :
Clostridium perfringens : bacille Gram positif sporulé et anaérobie strict. Cette bactérie est présente dans le sol. Le réservoir naturel est le tube digestif des humains et de plusieurs animaux. Son spectre de température optimale se situe entre 15 et 50 °C. Elle est apte à former une entérotoxine.
les milieux de culture en boites
Le milieu de Chapman est un milieu sélectif, surtout utilisé en microbiologie médicale, permettant la croissance des germes halophiles. Parmi ces germes figurent au premier rang les bactéries du genre Staphylococcus, mais aussi les Micrococcus, les Enterococcus, les Bacillus, et de rares bactéries à Gram négati f
Ce milieu contient un inhibiteur : fortes concentrations en chlorure de sodium (75 g.L-1), ce qui permet un isolement sélectif de Staphylococcus tolérant les fortes concentrations en NaCl.
On peut étudier la fermentation du mannitol par virage au jaune de l’indicateur coloré, le rouge de phénol, autour des colonies.
Technique
L’ensemencement doit être massif, en stries serrées ou par inondation.
Ne pas sécher le milieu à l’étuve avant l’ensemencement : la déssication du milieu pourrait entraîner une augmentation de la concentration en NaCl et rendre le milieu trop inhibiteur.
L’utilisation du mannitol se traduira par une acidification du milieu, provoquant le virage au jaunede l’indicateur de pH.
Les colonies mannitol + sont entourées d’une auréole jaune.
L’utilisation du mannitol est un caractère discriminatif important dans le genre Staphylococcus, Staphylococcus aureus étant mannitol +.
Ne pas confondre la pigmentation des colonies et le virage de l’indicateur coloré.
Ainsi des colonies pigmentées en jaunes et mannitol + : forte suspicion de S. aureus
Remarque : le milieu de Chapman permet la sélection des Staphylococcus et une orientation pour l’identification de l’espèce S. aureus.Mais il ne s’agit que d’un test de présomption et une confirmation par des tests plus spécifiques (coagulase. ADNase…) reste obligatoire.
La gélose Hektoen est un milieu d’isolement des Salmonelles et des Shigelles, bien que de nombreuses bactéries à Gram négatif puissent se développer sur ce milieu. L’identification d’entérobactéries pathogènes repose sur la non utilisation des glucides présents dans le milieu.
Principe
Ce milieu contient trois types de glucides : la salicine (qui est un hétéroside), le saccharose et le lactose. L’orientation de l’identification des colonies isolées est fondée sur l’attaque de ces trois glucides, les salmonelles et les shigelles n’attaquant aucun de ces glucides.
Un autre caractère biochimique que l’on peut suivre sur ce milieu est la production d’H2S à partir de thiosulfate. Elle se traduit par l’obtention de colonies à centre noir, coloration due à la formation de sulfure de fer. Ce caractère est important car il permet de différencier les Salmonella (H2S +) des Shigella (H2S -).
Deux indicateurs sont présents dans le milieu :
– le bleu de bromothymol (indicateur de pH)
– la fuschine acide (qui se colore en présence d’aldéhyde. On observe alors une teinte saumonée si la souche utilise un ou plusieurs des glucides présents).
Technique
L’ensemencement se fait par les techniques habituelles.
Lecture
Colonies saumon
Escherichia, Levinea, Citrobacter diversus, Klebsiella, Enterobacter, Serratia, Yersinia
Colonies saumon à centre noir
Citrobacter freundii, Proteus vulgaris,
Colonies bleu-vert à centre noir
Suspicion de Salmonella, à différencier de Proteus mirabilis
Colonies bleu-vert ou vertes
Suspicion de Shigella ou de Salmonella
